新阶段的政府转型将是一个打破既得利益的过程。在社会利益多元化、社会利益分化、改革缺乏共识的背景下，政府应站在公共利益的立场上，实质性打破行业利益、部门利益、地方利益的束缚。
1. 政府转型将更多地触及行业利益
建设公共服务型政府，要求政府从扮演经济建设主体的角色中解脱出来。这将意味着政府不再掌握更多的经济资源和经济权力，意味着政府与行业利益的“脱钩”。尤其是要打破行政垄断，推进垄断行业改革，将涉及包括铁路、航空、邮政、电信等多个行业的利益调整，涉及国有经济和民营经济之间的利益博弈。在遏制过高房价的过程中，还将涉及房地产行业、银行业等多种行业利益，都需要政府克服行业利益。应当看到，在行业利益的诱惑下，实现政企分开、政资分开，实现国有资产的公益性还有很长的路要走。
2. 政府转型将更多地触及部门利益
“十一五”时期的改革实践表明，改革如果掺杂部门利益，不仅难以保证改革决策的科学性、合理性，还会阻碍改革的实际进程。在政府转型中，部门利益得不到有效控制，部门权力往往会自行扩张。新阶段建设公共服务型政府，不能由部门自己设计改革方案改自己。尤其是事业单位改革将成为下一步改革的重要领域，这些改革如果由与事业单位具有千丝万缕联系的上级主管部门自行设计，就很难有实质性突破。在下一步深化教育体制改革、医疗卫生体制改革的进程中，如何超脱部门利益，在“管办分离、政事分开”的前提下推进事业单位改革，实现事业单位的公益性是一个巨大的挑战。
3. 政府转型将更多地触及地方利益
新阶段的政府转型将更多地触及地方利益。近年来，一些地方在贯彻落实科学发展观的过程中与中央政府博弈，重要的原因在于地方利益。例如，作为中央政府，站在全局的高度遏制过高的房地产价格，将涉及地方土地作为“第二财政”的问题。中央政府控制过剩产能，调整经济结构，严格限制高污染行业，可能会使得许多地方政府财政收入减少。为此，在政府转型的进程中，尤其需要中央统筹规划，正确处理中央地方关系问题，有效地克服地方利益。
